El 22 de diciembre de 1992, en la ciudad de Lambaré, se encontraron más de 700.000 documentos datados entre 1920 y 1989, entre los cuales se hallaban los documentos de los organismos de seguridad del Estado vinculados a la represión durante la dictadura de Alfredo Stroessner. Luego de una revisión superficial del material, se ordenó su traslado al Palacio de Justicia y a principios de 1993 se inició la clasificación de los archivos. La Corte Suprema de Justicia y la Fiscalía del Estado dieron instrucciones a los oficiales para que colaboraran con los profesionales especializados en documentación. Los especialistas fueron proporcionados por dos organizaciones no gubernamentales: el Centro de Documentación y Estudios y el Comité de Iglesias para la Asistencia de Emergencia (CIPAE).

En marzo de 1993, la Corte Suprema de Justicia creó el Centro de Documentación y Archivos para la Defensa de los Derechos Humanos (CDyA), que se encuentra en el Palacio de Justicia. El Centro está abierto al público y en su base datos pueden consultarse aproximadamente 60.000 registros sobre los 300.000 documentos de los Archivos del Terror. Para facilitar el acceso público, se han incluido imágenes digitales de 249 documentos relacionados con la coordinación represiva de los países del Cono Sur conocida como Operación Cóndor. El CDyA colabora tanto con las investigaciones judiciales como las académicas.

El archivo posibilitó, entre otras cosas, el reconocimiento y proceso de reparación de las víctimas a través de la Ley 838/96 y la creación de la filial local de la Asociación Americana de Juristas, además del primer reclamo a los Estados Unidos, en 1993, por su responsabilidad en el Terrorismo de Estado en Paraguay. Años más tarde, el archivo fue esencial para las investigaciones de la Comisión de Verdad y Justicia (2004-2008). Los documentos facilitaron sentencias en casos relevantes y aportaron a los procesos de justicia internacional llevados a cabo en Argentina, Chile, Uruguay, España, Francia, Italia y Suiza. También contribuyeron a la búsqueda de detenidos desaparecidos y otras víctimas de las múltiples operaciones represivas coordinadas en el continente americano.

Asimismo, motivaron a la investigación científico-jurídica y generaron múltiples investigaciones históricas y documentos de la prensa escrita y audiovisual nacional e internacional.