La masacre perpetrada en 1932 contribuyó a consolidar el poder de los militares en El Salvador, que impidieron un debate libre y público sobre los acontecimientos. Hasta comienzos de la década de 1990, la cantidad de escritos sobre 1932 era sesgada y reducida. A partir de 1990, con el final de la Guerra Fría y de la guerra civil en El Salvador, salieron a luz nuevas fuentes, tanto documentos oficiales como testimonios orales. El eje del debate se centra en si el levantamiento campesino que dio origen a la matanza se trataba de un levantamiento comunista (“causalidad comunista”) o si se trató de un etnocidio, es decir, una matanza de un grupo específico (indígena y pobre) con el objetivo de su eliminación. El Gobierno, el Ejército y los partidos conservadores afirmaron haber destruido el comunismo en 1932. Mientras tanto, los movimientos guerrilleros dijeron que había comenzado ese año un gran movimiento social-comunista.

La memoria de la masacre de 1932 estuvo en disputa durante décadas entre diferentes actores. Por un lado, el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN), organización político-militar comunista creada en 1970 en homenaje al dirigente comunista Agustín Farabundo Martí, arrestado previamente a la masacre y ejecutado en los días posteriores. Por el otro, la Alianza Republicana Nacionalista, partido salvadoreño conservador que lanzó campañas políticas desde Izalco a partir de 1980 reivindicando la masacre como símbolo de la lucha contra el comunismo. La comunidad indígena recordó hasta el año 2005 a las víctimas a través de ceremonias familiares.

En enero de 2005, Izalco fue testigo de dos conmemoraciones distintas del 73° aniversario de la matanza. Una, organizada por el FMLN y orientada a recordar los acontecimientos de manera consistente con su interpretación tradicional de las masas pobres que luchaban por alcanzar una vida mejor. La otra, a cargo de un grupo de activistas indígenas, reivindicaba el recuerdo de una masacre contra los pueblos indígenas de El Salvador.

Desde entonces, las celebraciones en El Llanito son públicas, con peregrinaciones, actividades culturales, foros y ritos tradicionales, y la participación de la comunidad indígena, autoridades políticas y actores sociales. El Llanito fue reconocido como bien cultural nacional en 2012 por ser testigo de la masacre de los pueblos originarios y lugar donde se realizan manifestaciones culturales.

La masacre de 1932 es rememorada en todo el país. En el Monumento a la Memoria y la Verdad inaugurado en 2003 en San Salvador se encuentra un mural que recuerda esos acontecimientos como modo de homenajear a sus víctimas. Asimismo, el Museo de la Palabra y la Imagen de San Salvador cuenta con una exposición permanente que explica los hechos de 1932 desde una perspectiva étnica.