Durante el apartheid un grupo de activistas, escritores, periodistas y artistas resistió a la destrucción y el desarrollo inmobiliario del Distrito Seis. En 1988 antiguos residentes bajo el nombre “Hands off District Six” realizaron una Conferencia donde concluyeron que el Distrito Seis debía discutirse en el marco de una Sudáfrica democrática involucrando a sus ex residentes y tener un museo propio. Al año siguiente la Fundación del Museo del Distrito Seis comenzó a organizar reuniones de ex residentes en las que contaron sus historias, debatieron su futuro e iniciaron reclamos de sus propiedades.  

Las primeras elecciones plenamente democráticas y libres en Sudáfrica en 1994 llevaron a Nelson Mandela al poder y se iniciò el proceso de finalización del apartheid. Ese año se declaró que aquellos que muestren haber sido propietarios de viviendas destruidas podían volver al Distrito.

El 10 de diciembre de 1994 se inauguró el Museo en la histórica Iglesia Metodista, un edificio conocido como “la iglesia de la libertad”, donde se habían hecho celebraciones por la abolición de la esclavitud, protestas contra el apartheid y encuentros entre ex residentes. El Museo realizó sus primeras exposiciones con vestigios sacados de los escombros y antiguos letreros de las calles del distrito conservados y donados por un particular. Más tarde incorporó un paño de la memoria de 300 metros a modo de libro de visitas, una galería de retratos de personajes icónicos del Distrito y un mapa de lona realizado por artistas que cubre el piso y muestra cómo eran las calles del Distrito previo a su destrucción.  

A partir de estos objetos expuestos, los ex residentes comenzaron a contar sus historias, a llevar más objetos y a intervenir el museo con comentarios, recuerdos e imágenes. El Museo surgió como una iniciativa de la comunidad y son los mismos ex residentes quienes hacen constantes intervenciones, visitas guiadas y reuniones.

Hacia 1996 se sancionó la Ley de Restitución de Derechos sobre la Tierra y se estableció una Comisión de Restitución de Derechos de Tierras y un Tribunal de Reclamaciones de Tierras para su cumplimiento. Asimismo, se dispuso la Comisión de la Verdad y Reconciliación dirigida por Desmond Tutu para reparar los daños del pasado y construir una memoria social basada en las historias de víctimas de violaciones a los derechos humanos ocurridas durante el apartheid. 

Bajo este marco en el 2002 el Museo incorporó “El Centro de Regreso al Hogar del Museo del Distrito Seis”, un edificio situado a dos cuadras e históricamente conocido como el almacén de textiles y productos blandos “Sacks Futeran” donde las familias del Distrito solían comprarse telas e insumos para vestirse. Dos años más tarde Mandela entregó las llaves a los primeros ex residentes que regresaron al Distrito Seis. 

Actualmente el Distrito continúa siendo una herida visible del apartheid en Sudáfrica y los barrios a los que fueron trasladados los residentes del Distrito Seis representan a las poblaciones marginales del país. En este sentido, desde el Museo se plantea que la restitución de tierras contribuye a la reconstrucción cultural y urbana, así como a la construcción del Distrito como un sitio de memoria y patrimonio cultural. 

Dentro de sus actividades, el Museo acompaña los reclamos de tierras siendo sede de charlas sobre restituciones, tribunal de tierras y firma de acuerdos. Todas las iniciativas del Museo se apoyan en forma simultánea en la Ley de Recursos del Patrimonio Nacional de 1999 -que protege los sitios de importancia nacional alentando a las comunidades a conservar su legado- y en la Ley de Restitución de Derechos de la Tierra de 1994 -que prevé la misma de los derechos sobre la tierra a personas que fueron desposeídas luego del 19 de junio de 1913 bajo el marco de prácticas discriminatorias o raciales-.