Con el inicio de la Revolución cubana en 1959, se produjeron un gran número de investigaciones históricas, documentales y películas sobre la historia colonial y el pasado esclavista. En 1994, Cuba fue incorporada al Proyecto Ruta del Esclavo de la UNESCO y pasó a integrar su comité científico como miembro permanente a través de la conformación del Comité Cubano de la Ruta del Esclavo. El Comité trabaja específicamente en el reconocimiento, rescate, protección y salvaguardia del patrimonio heredado de los africanos. En el trabajo hay representantes de diferentes grupos e instituciones, tales como el Archivo Nacional de Cuba, la Facultad de Artes y Letras de la Universidad de La Habana, el Instituto Cubano de Antropología, la Fundación Fernando Ortiz, el Instituto Cubano de Investigación Cultural Juan Marinello, el Consejo Nacional de Patrimonio Cultural, el Museo de la Ruta del Esclavo, la Casa de África, el Museo Municipal de Guanabacoa, el Centro Cultural Africano Fernando Ortiz, el Conjunto Folklórico Nacional de Cuba, la Biblioteca Nacional José Martí y la Casa del Caribe. Asimismo, Cuba es uno de los impulsores, desde 2012, del proyecto Universo Cultural Afrodescendiente, orientado a la salvaguardia de la música, danza y canto del patrimonio inmaterial afrodescendiente en América latina y el Caribe.

En la lista de Patrimonio Mundial de la UNESCO fueron seleccionados tres monumentos nacionales de Cuba que son parte de la Ruta del Esclavo: el Valle de los Ingenios, el Valle de Viñales y el Paisaje Arqueológico de las primeras plantaciones cafetaleras del suroriente de Cuba. El Castillo de San Severino fue nombrado monumento nacional en 1978 y, años más tarde, fue elegido para constituirse como Museo de la Ruta del Esclavo. A partir de esta iniciativa, el Museo pretende erigirse no solo como un objeto del pasado con fines turísticos, sino como herramienta educativa y lugar de memoria para la comunidad afrodescendiente. Desde el inicio de la propuesta museológica, participan en el Museo diferentes organizaciones afrodescendientes que organizan actividades culturales, sociales y religiosas. La Universidad Camilo Cienfuegos, que recibe a numerosos estudiantes provenientes de África, organiza diversas actividades en el Castillo, como el Día de África y el Día de la independencia de cada uno de estos países.

En la actualidad, el Museo es parte de actividades de divulgación científica nacionales e internacionales para investigadores, estudiantes de escuelas y universidades. Entre las actividades que tienen mayor trascendencia, puede mencionarse la del 12 de octubre, fecha que coincide con la fundación oficial de la Ciudad de Matanzas y no con la llegada de Cristóbal Colón a América en 1492, que no es recordada en Cuba.