Con el pretexto de luchar contra el colonialismo, en el año 1975 el ejército de Indonesia invadió Timor Oriental y derrocó al gobierno, desatando una violenta ocupación que duró hasta el año 2002 y que costó la vida a más de 60.000 timorenses.

En octubre de 1991, durante la visita de Peter Kooijmans, el Relator Especial sobre la tortura y otros tratos o penas crueles, inhumanos o degradantes de la ONU, una delegación compuesta por miembros del Parlamento portugués y doce periodistas fracasó en su intento de investigar las graves violaciones en Timor Oriental. Las tensiones entre las autoridades indonesias y los jóvenes de Timor Oriental fueron en aumento en los días posteriores a la cancelación de la comisión.

El 28 de octubre, las tropas indonesias localizaron a un grupo de miembros de la resistencia en la iglesia Motael de Dili. Durante la confrontación fueron asesinadas varias personas incluido el independentista Sebastião Gomes. El 12 de noviembre de 1991, muchos timorenses asistieron a una misa en su memoria. Fue la manifestación más grande y visible contra la ocupación indonesia desde 1975. Unos minutos después de que los manifestantes llegaran al cementerio de Santa Cruz, las fuerzas de seguridad abrieron fuego. El informe de la Comisión de Recepción, Verdad y Reconciliación en Timor Oriental ¡Chega! (“basta” en portugués) registró 271 muertos, 250 desaparecidos y centenares de heridos. En 1999, los gobiernos de Portugal e Indonesia llegaron a negociar la realización de una consulta popular, que fue supervisada por las Naciones Unidas. El 20 de mayo de 2002, Timor Oriental alcanzó su independencia total.