Desde 1940 ciertos reportes comienzan a sugerir el reemplazo de las escuelas residenciales por escuelas provinciales para integrar a los niños indígenas. En 1975 se investigaron algunos casos de violencia física y sexual en las residencias pero solo dos religiosos confesaron abusos, siendo relocalizados a otras diócesis. En el año 1986 los nativos demandan su autodeterminación y cierran la gran mayoría de las instituciones. Desde ese entonces comenzaron a aparecer las primeras denuncias por abusos y al plan de destrucción cultural llevado adelante por el Estado y las iglesias a través de las residencias. 

En 1989 la Comisión de la Verdad y la Reconciliación comienza a investigar los casos escuchando los testimonios de víctimas y testigos determinando que las víctimas debieran ser reparadas y los agresores juzgados. Alrededor de once agresores fueron condenados y hacia 2002 se superaron las 10.000 denuncias. 

La escuela residencial Kamloops, creada en 1890 por la iglesia católica y situada en la provincia de Columbia Británica, fue la escuela más grande de Canadá llegando a albergar alrededor de 500 infantes indígenas hacia 1950. Hacia el año 2000 el descubrimiento casual de una costilla y un diente infantil hecho por un transeúnte en la escuela generó una búsqueda que dió por resultado el hallazgo en 2021 de los restos de 215 menores en una fosa común. La inspección de la escuela fue realizada por georradar por una antropóloga y por la propia Nación Originaria Tkémlúps te Secwépemcha. Este caso impulsó búsquedas en otros internados y un pedido a la Corte Penal Internacional. Principalmente los grupos indígenas solicitaron peritar las antiguas escuelas residenciales dando comienzo a las investigaciones con radares de penetración de suelo.

En la Escuela Residencial de Indios Marieval un grupo de la Primera Nación Cowessess encontró 751 tumbas anónimas. En el internado de la isla Kuper, demolido en 1980, funcionaba una escuela industrial en la cual dos niñas murieron ahogadas huyendo y la cual fue incendiada por sus habitantes en 1896. Allí la Nación Penelakut detectó 160 tumbas sin identificar y sus sobrevivientes han erigido un memorial para recordar a las víctimas. 

Hasta ahora se identificaron 6.000 menores indígenas enterrados de manera anónima en los recintos de las residencias y las búsquedas continúan estimando que la cifra podría llegar a los 30.000. 

Actualmente la Constitución de Canadá reconoce tres grupos indígenas: las Primeras Naciones (que incluyen 64 comunidades), los metis y los inuits. Los líderes de estos grupos han denunciado a los responsables estatales y religiosos por las graves violaciones de derechos humanos y se encuentran trabajando con museólogos y forenses para establecer las causas de muerte. 

En el lugar donde está la escuela de Kamloops los familiares de las víctimas construyeron un altar improvisado para resignificar el sitio y convertirlo en un lugar de reposo para los niños. Al mismo tiempo, la comunidad comenzó a dejar zapatos de niños en plazas, parques y edificios públicos convirtiéndolos en un símbolo contra el olvido y un recuerdo de las víctimas. A lo largo de este proceso de descubrimiento se incineraron ocho iglesias y se derrumbaron las estatuas de la reina Victoria y de la reina Isabel. 

En 2008 Stephen Harper, en ese entonces Primer Ministro, emitió una disculpa en nombre del gobierno canadiense donde anunció compensaciones para las víctimas y estableció la Comisión de Verdad y Reconciliación como responsable de la investigación y las compensaciones. 

El informe de la Comision de la Verdad y la Reconciliación de 2015 reunió testimonios de víctimas y fuentes documentales estimando que 1 de cada 50 de los menores enviados a las residencias murió en esas instituciones siendo alrededor de 6.000 el total y catalogó a la política como un “genocidio cultural”. Un grupo de relatores de la ONU ha pedido indagar a los internados y solicitó al Vaticano colaborar en las investigaciones. En respuesta a la exigencia de una carta de disculpa pública, el Primer Ministro de Canadá Justin Trudeau lamentó los hechos y prometió la indemnización de las familias de las víctimas.

A pesar de la indemnización económica que han recibido las víctimas y sus hijos, se evidencia un trauma a nivel intergeneracional en el cual víctimas y familiares muestran secuelas persistentes de traumas, enfermedades, adicciones, depresión, tendencias al suicidio, afecciones emocionales y otras conductas derivadas de la separación de sus familias, la pérdida de su modo de vida y la degradación de su cultura. 

En 2022 el papa Francisco visitó Canadá para pedir disculpas en nombre de la Iglesia Católica, que tuvo que vender más de 40 propiedades para afrontar las demandas por abusos.